يكي از برنامه‌هاي مجتمع، در امر آموزش عمق بخشيدن به مفاهيم بنيادي علوم است. به اين منظور، برنامه‌ريزان آموزشي به دروس و سرفصل‌هاي آموزش و پرورش بسنده نمي‌كنند. بلكه علاوه بر آن‌ها به تدوين درس‌نامه‌هاي تكميلي پرداخته‌اند كه توسط دبيران متخصص طراحي و اجرا مي‌شود. در تدوين اين درس‌نامه‌ها، آموزش تفكربرانگيز به‌گونه‌اي مدنظر گرفته ‌شده است تا علاوه بر نياز دانش‌آموزان در المپيادها و كنكور بر توانايي عمومي آنان در حل مساله تاثيرگذار باشد.

آزمون ها :

از آن‌جا كه انجام آزمون ميزان آمادگی وهماهنگي دانش‌آموز با مجموعه را محك مي‌زند، در مجتمع علامه طباطبايي، واحدي به نام واحد آزمون‌ها، زير نظر معاونت آموزشي دایر شده و برنامه‌ريزي آزمون‌ها و نحوه‌ي اجراي آن‌ها را اداره مي‌كند. در اين مجتمع آزمون‌ها در سه سطح زير برگزار مي‌شوند
الف- آزمون‌هاي منطقه‌اي
ب- آزمون‌هاي مستمر هفتگي
پ- آزمون‌هاي جامع

لايه‌هاي آموزشي در مجتمع علامه طباطبايي

آموزش در كلاس‌هاي مجتمع علامه طباطبايي بر مبناي سه لايه‌ي آموزشي، طراحي شده است كه به ترتيب عبارتند از: كتاب درسي، سطح آموزش داخلي مجتمع و سطح المپياد. ترتيب اين سه لايه با دقت خاصي رعايت مي‌شود. البته آموزش المپياد، عمومي نبوده و مختص دانش‌آموزاني است كه هم علاقه‌مند باشند و هم بتوانند حدنصاب نمره‌ي لازم را در درس مورد انتخاب خود كسب نمايند. در بخش آموزش داخلي مجتمع براي تمام دروس اختصاصي درس‌نامه به صورت جزوه‌ي تكثير شده كه در اختيار تمام دانش‌آموزان قرار مي‌گيرد. در اين مجموعه تمرينات معمولاً هر سال تغييراتي جزيي براي بهبود و به روز شدن مسايل صورت مي‌گيرد. چينش سوال‌ها در آن‌ها به ترتيبِ سرفصل‌هايي است كه تدريس مي‌شوند. و در هر سرفصل مسايل از ساده به مشكل آمده است. اين دقت در نحوه‌‌ي چيدن تمرينات موجب هم‌دستي و هماهنگي تدريس در واحد‌هاي مختلف آموزشي مجتمع مي‌شود. طراحي سوالات در آزمون‌هاي داخلي بر مبناي سطح آموزش مجتمع است.